氯消毒在水中不含氨的情况下，向水中参加氯后当即产生反响生成次氯酸，次氯酸水解能生成次氯酸根离子，正常的情况下，次氯酸和次氯酸根离子在水中一起存在，相对份额取决于pH值和温度，但它们的总和则坚持必定值。

  次氯酸为很小的中性分子，可分散到带负电的细菌外表，并进入细菌体内经过氧化作用损坏菌体内体系而使细菌逝世。因次氯酸根离子自身带负电，难以接近带负电的细菌，很难起到直接的消毒作用。所以在较低的pH值条件下，次氯酸所占份额较大，则消毒作用较好。不过，尽管次氯酸根离子难于直接消毒，可是当水中的次氯酸被耗费后，次氯酸根离子会不断转化为次氯酸，因而，次氯酸和次氯酸根离子的所含氯量均为消毒剂的有效氯含量。

  氯消毒的作用与水温、pH值、触摸时刻、混合程度、污水浊度以及所含搅扰物质、有效氯浓度有关。

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